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NEB推出甲基化分析新工具,跳過亞硫酸氫鹽轉化

【字體: 時間:2019年05月09日 來源:生物通

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  NEB推出了一種新方法NEBNext® Enzymatic Methyl-seq(簡稱EM-seq)來取代亞硫酸氫鹽測序,從而準確靈敏地評估DNA甲基化。

對于甲基化組分析而言,亞硫酸氫鹽測序無疑是金標準。不過,亞硫酸氫鹽轉化過程會損傷和降解DNA,造成DNA片段化和丟失。此外,亞硫酸氫鹽文庫還表現出明顯的GC偏向性,并過度集中在甲基化的區域。

為了克服這些問題,NEB推出了一種新方法NEBNext® Enzymatic Methyl-seq(簡稱EM-seq)來取代亞硫酸氫鹽測序,從而準確靈敏地評估DNA甲基化。

NEBNext EM-seq利用酶促轉化來取代亞硫酸氫鹽轉化,能夠最大限度減少DNA損傷。與附帶的NEBNext Ultra™ II DNA文庫制備試劑結合使用,EM-seq能夠產生高質量的NGS文庫,實現5mC和5hmC的可靠檢測。此外,EM-seq的轉化結果與亞硫酸氫鹽測序一致,故可采用原先的數據分析工具。

EM-seq的轉化過程分為兩步,如上圖所示。第一步使用了TET2和氧化增強劑來保護經過修飾的胞嘧啶,使其免受下游的脫氨基作用。TET2通過級聯反應將5mC和5hmC氧化成5caC。此外,氧化增強劑通過糖基化將5hmC轉化成5ghmC,又多了一層保護。

第二步是利用脫氨酶APOBEC對胞嘧啶進行脫氨基處理,但并不影響5caC和5ghmC。通過這兩步操作,現在您擁有的序列與亞硫酸氫鹽處理后的完全相同。通過PCR擴增,文庫可用于Illumina平臺的測序。

威爾•康奈爾醫學院的副教授Christopher Mason博士表示:“我們一直在不同條件下測試EM-seq,包括各種起始量、平臺和樣本。結果表明,與全基因組亞硫酸氫鹽測序相比,它能夠更均勻地覆蓋CpG島和整個基因組,并且更好地檢測CpG位點!

EM-seq方法使用幾種酶來實現序列轉化,不僅減少了DNA損傷,還帶來了更大片段的文庫、較低的GC偏向性、均勻的二核苷酸分布,以及更高的映射效率。這一切,只需要10-200 ng基因組DNA。

歐洲分子生物學實驗室的Vladimir Benes認為:“EM-seq不僅僅是用戶友好的,通過它,我們還能夠分析完整性不佳的DNA,精確測定胞嘧啶的甲基化狀態。如果亞硫酸氫鹽轉化是唯一可行的方法,那么我們肯定沒法獲得相關的結果!

此試劑盒包含了EM-seq轉化和文庫制備所需的全部試劑,有24次反應和96次反應兩種規格。若要嘗試其他應用,也可以單獨購買轉化模塊。(生物通 薄荷)

立即索取NEBNext EM-seq以及NEBNext系列文庫制備產品的詳細資料

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