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做ChIP-Seq分析,發高分文章,還可以這樣!

【字體: 時間:2019年05月13日 來源:Takara

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  ChIP-Seq,顧名思義就是將ChIP(染色質免疫共沉淀技術)與NGS相結合,一次性獲得與目的蛋白質相結合的DNA序列、確定蛋白質的結合分布和準確的結合位點等信息。下面小編就簡要介紹一篇關于ChIP-Seq應用研究,期望能給大家的科研思路帶來些許幫助。

或許,大家可能注意過這樣的情形:兩個小孩,雖然是一對同卵雙胞胎,擁有相同基因,但長相卻并非一模一樣。這其中的奧秘是因為我們人類除了基因組之外,還有一套系統來調控基因的表達,也就是所謂的表觀遺傳學。它是基于非基因序列的改變而導致的基因表達水平的變化。

ChIP-Seq就是其中一種廣受追捧的表觀遺傳學研究方法。ChIP-Seq,顧名思義就是將ChIP(染色質免疫共沉淀技術,Chromatin Immunopre-cipitation)與NGS相結合,一次性獲得與目的蛋白質相結合的DNA序列、確定蛋白質的結合分布和準確的結合位點等信息。

下面小編就簡要介紹一篇關于ChIP-Seq應用研究,期望能給大家的科研思路帶來些許幫助。

Transcriptional landscape of the human cell cycle
發表期刊: PNAS(IF=9.504)
發表日期:2017.03.28

研究背景

細胞周期,即細胞分裂的過程,對一個生物體的生長和發育至關重要。細胞周期受轉錄和表觀遺傳學的調控,十分復雜。但目前對于不同細胞周期階段的轉錄調控和組蛋白修飾的動力學機制尚不清楚。

研究方法

本研究使用流式分選技術分選G0/G1、G1/S和M期的乳腺癌MCF-7細胞,采用ChIP-seq + DNase-seq + RNA-seq + GRO-seq的多組學技術,研究MCF-7細胞的整個細胞周期的轉錄組全景圖譜。其中,SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kit用于制備ChIP-seq和DNase-seq的文庫。

結果與結論

本研究通過多組學聯合分析,繪制了全面的細胞周期的轉錄和組蛋白修飾圖譜,并揭示了整個細胞周期中轉錄組的動態變化特征。

在本研究中,考慮到細胞周期中染色質結構變化的重要性,使用H3K4me2-和H3K27ac抗體對MCF-7細胞進行染色體免疫共沉淀后,使用SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit制備文庫,以研究整個細胞周期的染色質動力學。結果顯示,通過均一化處理后,不同細胞周期階段的樣品中檢出的峰值數量幾乎相同。而且在生物學重復樣本之間,以及不同細胞周期階段樣本之間的相關性非常高。這也表明盡管在不同細胞周期階段染色體組織發生了巨大變化,但局部組蛋白修飾狀態仍然非常穩定。

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參考文獻:
Liu, Y. et al. Transcriptional landscape of the human cell cycle. PNAS 114, 3473–78 (2017).

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