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m6A甲基化整體研究思路:m6A相關SCI論文發表要求分類匯編

【字體: 時間:2018年05月16日 來源:聯川生物

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  今天的文章將圍繞m6A甲基化相關SCI論文發表要求展開,詳細闡述了不同論文中必不可少的寫作內容,一起來學習吧~

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1-4 分雜志

實驗要求:通常 4 分左右的雜志,標配是轉錄組測序搭配 m6A-seq,最后通過對 m6A-seq 中的數據和圖表進行羅列后就能發表一篇小論文了。這一類雜志和文章的要求通常不會含有太多的后期驗證實驗,基本上是對測序結果進行羅列展示以及配合 qPCR 或 LC-MS/MS 就差不多了。

實驗手段:m6A-seq、 轉錄組測序/表達譜芯片、 qPCR、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、 小 RNA 測序/小 RNA 芯片(可選)。

推薦雜志:BMC Genomics、RNA Biology 等二區/三區雜志。

參考文獻:Tao, X., et al. (2017). Transcriptome-wide N6-methyladenosine methylome profiling of porcine muscle and adipose tissues reveals a potential mechanism for transcriptional regulation and differential methylation pattern. BMC Genomics, 18(1), 336.

5-7 分雜志

實驗要求:擺脫了羅列測序結果的粗暴做法,這類分數的雜志會要求加入細胞實驗,動物實驗為可選方案。 通常的做法是對幾種甲基化酶進行敲低、敲除和過表達后,進行一系列的細胞實驗。同時對幾種感興趣的靶基因進行 qPCR 和 WB 等驗證,并對整體 mRNA 的 m6A 水平進行檢測。另外,對幾種甲基化酶敲低和過表達后,還可以再用測序或芯片等手段來觀察究竟哪些基因或小 RNA 受到了影響。

實驗手段:m6A-seq、轉錄組測序/表達譜芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、 小 RNA 測序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/過表達、動物實驗(可選)。

推薦雜志:Cell Death & Disease 等二區雜志。

參考文獻:Warda, A. S., et al. (2017). Human METTL16 is a N6-methyladenosine (m6A) methyltransferase that targets premRNAs and various non-coding RNAs. EMBO Reports, e201744940.

10 分上下雜志

實驗要求:在 7 分雜志的要求再上了一個檔次與要求,在前面的基礎上需要鑒定出究竟哪些靶基因受到了甲基化酶的調控。然后對這些靶基因進行敲除、敲低和過表達實驗,觀察是否對甲基化酶表達異常的表型能夠進行補救。 接下來需要對靶基因上的 motif 進行點突變驗證是否真的受到甲基化酶調控。同時 mRNA 在出核速度、半衰期等方面也要進行實驗進行佐證。

實驗手段:m6A-seq、轉錄組測序/表達譜芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小 RNA 測序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/過表達、靶基因驗證、動物實驗(可選)。

推薦雜志:Nature Communications、Nucleic Acids Research、eLife 等一區雜志。

參考文獻:Roundtree, I. A., et al. (2017). YTHDC1 mediates nuclear export of N6-methyladenosine methylated mRNAs. eLife,6, e31311.

20 分以上雜志

實驗要求:在先前 10 分雜志的基礎上加入動物實驗。這類文章通常包含幾個特點,即物種首次報道,鑒定出新型的蛋白,報道新的通路與機制,闡釋臨床問題等。這需要研究者們對科學問題有足夠的敏感度,在原先的研究基礎上進行更加深入的挖掘。

實驗手段:m6A-seq、轉錄組測序/表達譜芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小 RNA 測序/小 RNA 芯片、 qPCR、 WB、敲低/過表達、靶基因驗證、動物實驗、臨床實驗/藥物實驗。

推薦雜志:Cancer Cell、 Nature Immunology、 Cell 等頂級期刊。

參考文獻:Li Z, et al. (2017). FTO plays an oncogenic role in acute myeloid leukemia as a N6-methyladenosine RNA demethylase. Cancer Cell, 31(1), 127.

今天的內容講完啦,大家記得收藏好慢慢學習哦~

下期預告:RNA 甲基化 m6A 后期驗證工具之RNA-RNA/DNA 互作驗證及敲低/敲除/過表達

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