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m6A甲基化的整體研究思路:m6A課題如何設計

【字體: 時間:2018年05月15日 來源:聯川生物

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  今天的文章將圍繞m6A甲基化的整體研究思路展開,詳細解析m6A課題設計中兩個重點思路,一起來學習吧~

今天的文章將圍繞m6A甲基化的整體研究思路展開,詳細解析m6A課題設計中兩個重點思路,一起來學習吧~

關于m6A甲基化的研究,目前有多種思路可供選擇。無論是前期開展預實驗還是申請基金,可以從如下圖1中的研究流程圖展開。當然根據研究方法或研究思路可以與本文所述內容有所不同,針對所提的研究方法可以根據自身實驗設計進行延伸和拓展。


 圖1 m6A甲基化研究思路流程圖

思路1 老數據二次挖掘

第一步:先從原有的表達譜芯片數據或轉錄組數據中,挖掘到差異表達的甲基化酶;
第二步:對挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等進行qPCR驗證,并進行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平發生改變;
第三步:在細胞(動物模型可選)中對這些酶進行敲低和過表達,進行常規的qPCR和WB檢測相關酶表達情況,并用LC-MS/MS法檢測RNA整體m6A水平;
第四步:繼續對這些敲低和過表達的細胞進行轉錄組測序/小RNA測序或表達譜芯片/小RNA芯片,分析哪些基因出現差異表達變化和可變剪切變化;
第五步:找到甲基化酶調控的靶基因,進行敲低和過表達,看甲基化酶缺陷的細胞或動物模型表型能否補救;
第六步:在確定上一步靶基因確實受到甲基化酶調控后,對靶基因上的motif進行點突變后進行驗證;
第七步:鑒定新型的甲基化酶(可選)。

思路2 研究甲基化修飾差異基因

第一步:直接進行m6A-seq和轉錄組測序,找到時間順序或差異表達的基因并用qPCR、WB等方法驗證,此外找到m6A有差異的基因;
第二步:對甲基化酶進行敲低和過表達,檢測RNA整體的m6A水平,之后可進行轉錄組或小RNA測序等方法檢驗甲基化酶敲低和過表達對mRNA或miRNA整體的影響,并著重研究第一步中感興趣的m6A有差異的靶基因;
第三步:對靶基因進行敲低或過表達,是否能夠對甲基化酶異常表達后的表型進行恢復;
第四步:對靶基因上motif進行點突變后進一步確認直接受到甲基化酶調控;
第五步:鑒定新型的甲基化酶(可選)。

今天的內容講完啦,大家記得收藏好慢慢學習哦~

下期預告:m6A甲基化整體研究思路之m6A相關SCI論文發表要求分類匯編

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